日本国特許庁を受理官庁として、英語でPCT出願した場合、国際調査機関を日本国特許庁および欧州特許庁から選択することができます。近年日本のお客様でも英語でPCT出願し、欧州特許庁を国際調査機関として選択される方が増えています。
ここで注意すべきは、国際調査機関によって、欧州移行から実体審査開始までのフローが異なることです。
以下、国際調査機関が日本国特許庁または欧州特許庁である場合に分けてEuro－PCT出願（PCT出願に基づくEP出願）の審査開始までのフローを説明します。
１．国際調査機関が日本国特許庁である場合
移行手続き
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方式審査
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規則１６１条（２）EPCの通知（通知から６ヶ月以内に補正可能）
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補充調査報告
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規則７０条（２）、規則７０条ａ（２）EPCの通知（審査を継続するか否かの質問）
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規則７０条（２）、規則７０条ａ（２）EPCの通知に対して回答（回答期限：６ヶ月）
補充調査報告が否定的である場合は、それにも回答
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実体審査
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方式審査
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規則１６１条（２）EPCの通知（通知から６ヶ月以内に補正可能）
↓
補充調査報告
↓
規則７０条（２）、規則７０条ａ（２）EPCの通知（審査を継続するか否かの質問）
↓
規則７０条（２）、規則７０条ａ（２）EPCの通知に対して回答（回答期限：６ヶ月）
補充調査報告が否定的である場合は、それにも回答
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実体審査
２．国際調査機関が欧州特許庁である場合
移行手続き
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方式審査
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規則１６１条（１）EPCの通知
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欧州特許庁のISRが否定的である場合は、
規則１６１条（１）EPCの通知から６ヶ月以内にISRに対して回答
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実体審査
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方式審査
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規則１６１条（１）EPCの通知
↓
欧州特許庁のISRが否定的である場合は、
規則１６１条（１）EPCの通知から６ヶ月以内にISRに対して回答
↓
実体審査
この場合、欧州調査報告は作成されず、規則１６１条（１）EPCの通知によって欧州特許庁が発行した否定的なISRに対して回答することが求められます。このISRに対する回答は義務であり、回答をしない場合は、出願が取り下げ擬制されます（規則１６１条（１）EPC）。回答の期限は、規則１６１条（１）EPCの通知から６月です。
また国際段階で１９条補正をし、１９条補正の内容を審査対象とする場合は、ISRに対して回答したとみなされ、規則１６１条（１）EPCの通知に対して応答する義務はありません（欧州審査基準）。
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